W Muzeum Archidiecezjalnym w Krakowie znajdują się największe zbiory, liczące ponad 400 eksponatów, związane z osobą Karola Wojtyły. Obiekty te pochodzą różnych okresów życia późniejszego Papieża Polaka, poczynając od początków jego kapłaństwa, przez posługę biskupią w Archidiecezji Krakowskiej, najpierw jako biskupa pomocniczego (1958-1964), a następnie Arcybiskupa Metropolitę Krakowskiego (1964-1978), który w roku 1967 został włączony do Kolegium Kardynalskiego.

Szczególnego znaczenia zbiory Karola Wojtyły nabierają w miejscu, w którym mieszkał prawie 16 lat, najpierw w skromnym pokoju pod adresem Kanonicza 19 jako ksiądz (1951-1958), a później w kamienicy obok, przy Kanoniczej 21, jako biskup pomocnicy i arcybiskup (1958-1967).

Muzeum posiada rzeczy osobiste Karola Wojtyły takie jak jego ubrania i przybory codziennego użytku. Wiele z nich związanych jest z duszpasterstwem turystycznym, które nieformalnie gromadziło jego przyjaciół i ludzi, dla których był autorytetem i duchowym przewodnikiem. Wiele z tych eksponatów posiada nie tyle materialną, co ogromną wartość sentymentalną. Przykładem jest chociażby prosty drewniany stolik, klęcznik i fotel, na których w kaplicy Pałacu Arcybiskupów Krakowskich przy ul. Franciszkańskiej 3, abp Karol Wojtyła pisał kazania, przemówienia i przygotowywał najważniejsze dokumenty. W zbiorach znajdziemy również jego kajak, drewniane narty, stroje turystyczne, naczynia używane podczas wypraw w góry i spływów kajakowych.

Pośród obiektów związanych z Karolem Wojtyłą szczególne miejsce zajmują szaty i akcesoria liturgiczne. Wśród nich znajdują się sutanny kapłańskie i biskupie, arcybiskupia oraz kardynalska cappa magna, pastorały i pierścienie biskupie, birety i piuski, krzyże pektoralne czy brewiarz w języku łacińskim.

W zbiorach „Wojtyłowych” jest również wiele dokumentów, np. bulle nominacyjne, listy i pisma do duchownych i archidiecezjan. Obok togi profesorskiej, jest jego dyplom doktorski, maszynopis książki Miłość i odpowiedzialność, maszyna do pisania czy przybory biurowe. Pośród powyższych eksponatów, Muzeum zgromadziło w swoich zbiorach dary, które Karol Wojtyła jako pasterz Archidiecezji Krakowskiej otrzymywał od wiernych w czasie uroczystości, wizytacji czy odwiedzin w Pałacu Arcybiskupów Krakowskich.

Usytuowany pośrodku ekspozycji muzealnej pokój ks. Karola Wojtyły został tak zaaranżowany, aby przenieść zwiedzających do czasów, kiedy mieszkał tam jego wyjątkowy lokator. Wiele ze znajdujących się w nim eksponatów to oryginalne rzeczy należące do ks. Wojtyły, chociażby biurko z marmurowym blatem czy gramofon.

Podczas VI pielgrzymki do Polski w 1997 r. papież Jan Paweł II, w jednym z pokoi swojego dawnego biskupiego mieszkania, zjadł śniadanie, przy którym z uśmiechem na twarzy wspominał spędzone na ul. Kanoniczej lata. Muzeum posiada zastawę stołową, która została użyta podczas tamtego posiłku.

Zbiory Karola Wojtyły Muzeum Archidiecezjalnego w Krakowie oprócz wartości historycznej i sentymentalnej posiadają również wymiar duchowy, stanowiąc relikwie św. Jana Pawła II Wielkiego.