1994
- Ekspozycja prezentująca malarstwo religijne ze zbiorów Fundacji Rodziny Ciechanowieckich. (lipiec)
- Otwarcie Muzeum Archidiecezjalnego. Skarby kościoła Mariackiego w Krakowie. (maj-wrzesień)
1995
- Adam Chmielowski – Św. Brat Albert (1845 – 1916) (październik 1995 – styczeń 1996)
- Ekspozycja prezentująca dzieła sztuki z kościoła św. Floriana w Krakowie oraz odnowione dzieła z Racławic Olkuskich i z Gruszowa. (marzec)
1996
- Otwarcie ekspozycji w nowej części Muzeum Archidiecezjalnego w tzw. kamienicy „Dziekańskiej” i wystawa zdjęć pt.: „Jan Paweł II w fotografii Adama Bujaka”. (listopad 1996-kwiecień 1997)
- Sztuka sakralna kolegiaty św. Anny w Krakowie. (czerwiec-październik)
1997
- Barbara Hulanicka. Religie świata i inne tkaniny. (grudzień 1997 – luty 1998)
- Błogosławiona Jadwiga Królowa w oczekiwaniu na kanonizację. (maj – październik)
- Wystawa ks. Mirosława Barańskiego. (kwiecień – maj)
1998
- Kardynał Karol Wojtyła Ojciec Święty Jan Paweł II w sztuce. (październik 1998 – styczeń 1999)
- VII Krakowskie Triennale Rzeźby Religijnej. (wrzesień – październik)
- Ze skarbca kościoła św. Marka w Krakowie. (czerwiec – sierpień)
- Halina Cieślińska – Brzeska. Witraż. (marzec – kwiecień)
1999
- Jan Wałach 1884 – 1979. (listopad – grudzień)
- 400 lat Biblii ks. Jakuba Wujka SJ. (październik – listopad)
- Józef Stasiak. „Otwórzcie drzwi…” Malarstwo. (czerwiec – sierpień)
- Grafika wobec wartości. W hołdzie Ojcu Świętemu z okazji VI Pielgrzymki do Ojczyzny. (czerwiec – wrzesień)
- Jerzy Skąpski. Witraż. (kwiecień – maj)
- Ewelina Pęksowa. Modlitwa góralska na szkle malowana. (luty – marzec)
2000
- Jezus Chrystus Król Trzeciego Tysiąclecia w sztuce ludowej. (listopad)
- Marc Chagall. Obrazy Biblijne. (wrzesień – październik)
- Bertamaria Reetz. Twarze. (sierpień)
- Wawel 1000 – 2000. (maj – sierpień)
- Józef Furdyna. Witraż. (luty – marzec)
- Szymon Serwatka. „Chwalcie Pana morskie głębiny…” Wystawa fotografii podwodnej. Reportaż z dwóch mórz. (styczeń – luty)
2001
- Cracovia Sacra. (2001). Miejsce: Budapeszt ()
- Malowane sercem. Wystawa osób niepełnosprawnych Ogólnopolskiej Fundacji im. Brata Alberta. (listopad – grudzień)
- Jerzy Skąpski. Boże Narodzenie w malarstwie i rzeźbie. (sierpień – wrzesień)
- Krzysztof Okoń. Biblia i marzenia w malarstwie i rzeźbie. (sierpień – wrzesień)
- Irena Popiołek. Malarstwo. (czerwiec – lipiec)
- Wystawa studentów PAT – Wydział Historii Kościoła – kierunek: Sztuka Sakralna. (czerwiec)
- Powrót na pustynię. (marzec – maj)
- Nowa ekspozycja sztuki sakralnej od XIII do XX wieku. (luty 2001 – lipiec 2012)
2002
- Kapliczki na Podhalu i Spiszu. Pokonkursowa wystawa prac dzieci i młodzieży. (grudzień 2002 – styczeń 2003)
- Madonny z Sevilli. Wystawa fotografii. (październik)
- Joanna d’Arc w świetle witraży. (październik – listopad)
- Stefan Dousa. Fragment drogi. (październik 2002 – luty 2003)
- Kapliczki i krzyże przydrożne. Pokonkursowa wystawa fotograficzna. (wrzesień)
- Błogosławiony Arcybiskup Józef Bilczewski – Pamiątki Lwowskie. (czerwiec)
- Teresa Stankiewicz. Obrazy. (czerwiec – wrzesień)
- Tӧrley Mária R. Nadzieja w rzeźbie. (marzec – kwiecień)
- Pamiątki Ormiańskie w Krakowie. (styczeń – marzec)
- Stanisław Rodziński. Malarstwo. (styczeń – marzec)
2003
- Święci polsko – węgierscy. Braterstwo obu narodów. (2003. Miejsce: Budapeszt)
- Szopki spod Babiej Góry. (grudzień 2003 – styczeń 2004)
- Portret Jana Pawła II. XXV lat pontyfikatu. (listopad – grudzień)
- Apostoł pokoju Jan Paweł II. Wystawa koreańskiego fotografika Nam Sik Baik Bernardo. (listopad – grudzień. )
- Pontyfikat przełomu tysiącleci. 25 lat Jana Pawła II na stolicy św. Piotra. (październik – listopad)
- eresa Stankiewicz. Stała ekspozycja malarstwa. (październik 2003 – styczeń 2021)
- Nagrobki i pomniki cmentarne. Pokonkursowa wystawa fotograficzna. (październik – listopad)
- Heinz Ebner. „Tam słońcu namiot wystawił…” Witraże i malarstwo. (sierpień – październik)
- Cracovia di Giovanni Paolo II. Trittico polacco. (czerwiec Miejsce: Mediolan)
- Święta przestrzeń – Ikona. Ikony z pracowni ikonopisania św. Łukasza w Krakowie. (marzec – kwiecień)
- Marek Luzar. „Anioły i nie tylko…” Malarstwo. (luty – kwiecień)
2004
- Szopki spod Babiej Góry. (grudzień 2004 – styczeń 2005)
- Jerzy Szot. Lokatorzy Europy. Wystawa fotografii. (listopad – grudzień)
- Drewniana architektura sakralna Polski. Pokonkursowa wystawa fotograficzna. (październik – listopad)
- Fryderyk Pautsch. Portrety. (czerwiec 2004 – kwiecień 2006)
- Jadwiga Styrna – Nawrocka. Chorągwie. (czerwiec – wrzesień)
- Tadeusz Boruta. Malarstwo. (marzec – maj)
- Wystawa wrocławskiego duszpasterstwa środowisk twórczych. (styczeń – luty)
2005
- Szopki spod Babiej Góry z Zawoi Górnej. (grudzień 2005 – styczeń 2006)
- Wystawa portretów Jana Pawła II. Malarstwo i fotografie Jana Pawła II (Budapeszt). (listopad 2005 – styczeń 2006)
- Darina Gladišová. Corpus Christi. Malarstwo. (październik)
- Sztuka w służbie Eucharystii. (październik)
- Sacrum w krajobrazie polskim. Wystawa retrospektywna konkursów fotograficznych z cyklu „Chrońmy od zapomnienia polską kulturę” z lat 2002 – 2004. (październik – listopad)
- Stanisław Brach. Apokalipsa. Rzeźba. Obraz ceramiczny. (lipiec – wrzesień)
- Stefan i Janina Rostworowscy. Malarstwo. (czerwiec – lipiec)
- Sławomir Jastrzębski. Kościoły Meksyku. Wystawa fotografii. (czerwiec – lipiec)
- Ks. Bajcsy Lajos. Grafika. (maj – czerwiec)
- Zdzisław Słonina. Litania Świątnicka. Rzeźba i fotografia. (maj – czerwiec)
- Dary Papieskie. W hołdzie Ojcu Świętemu Janowi Pawłowi II (maj 2005 – 2018)
- Nawojowa i okolice 2001 – 2004. Poplenerowa wystawa malarstwa. (kwiecień – maj)
- Wolfgang Hofer. Z gliny ulepieni. (marzec)
- Lucjan Orzech. Obrazy pasyjne. (luty – marzec)
- Wiesław Grzegorczyk. Plakaty. (styczeń – luty)
2006
- Szopki Babiogórskie oraz prace malarskie dzieci ze Szkoły w Borze i przedszkolaków z Krakowa – Łobzowa. (grudzień 2006 – styczeń 2007)
- Ks. Andrzej Józef Nowobilski. Totus Tuus. Jan Paweł II (listopad – grudzień. Miejsce: Łódź.)
- Fryderyk Pautsch. Sceny Huculskie. (listopad 2006 – grudzień 2007)
- Gdy słowo staje się obrazem. Wystawa ilustracji biblijnej. (listopad – grudzień)
- Antoni Górnik. Kościoły Krakowa. Malarstwo. (listopad 2006 – styczeń 2007)
- Pielgrzymki Jana Pawła II na Słowacji. (październik – listopad)
- Grafiki – Listy do Jana Pawła II. (wrzesień – październik)
- Simon András. W pobliżu miłości. Grafika. (czerwiec – sierpień)
- Portrety Jana Pawła II we współczesnym malarstwie chorwackim. (czerwiec – sierpień)
- Lorenzo D’Andrea. Portret Jana Pawła II. (maj – sierpień)
- Fratel Venzo 1900 – 1989. Malarstwo. (maj – czerwiec)
- Nanni Tedeschi. W hołdzie Janowi Pawłowi II w pierwszą rocznicę „przejścia do domu Pana”. Grafika i prace dzieci z Przedszkola nr 77 w Krakowie. (kwiecień)
- Michał Batkiewicz. W drodze do nieba. Rzeźba. (kwiecień – maj)
- Ks. Andrzej Józef Nowobilski. Totus Tuus. Di Giovanni Paolo II (marzec – maj. Miejsce: Fidenza)
- Ks. Andrzej Józef Nowobilski. Totus Tuus. Di Giovanni Paolo II. (marzec – maj. Miejsce: Florencja)
- Antoni Górnik. W poszukiwaniu sacrum. Malarstwo. (styczeń – marzec)
2007
- Jerzy Przybył. Misteria dwóch kultur. (listopad – grudzień)
- Sylwester Michalczewski. Rzeźby znalezione. (listopad 2007 – styczeń 2008)
- Romuald Oramus. Pomiędzy obrazem i grafiką. Prace z lat 1981 – 2006. (październik)
- Janina Marcińczak – Maślankowa. W Maryjnym ogrodzie malarstwo na szkle. (październik – listopad)
- András Károlyi. Jedno z Chrystusem. Malarstwo i grafika. (wrzesień)
- Ks. Andrzej Józef Nowobilski. Totus Tuus. Jan Paweł II (Częstochowa). (czerwiec – wrzesień)
- Ks. Andrzej Józef Nowobilski. Totus Tuus. Jean - Paul II. (maj. Miejsce: Paryż)
- Wystawa dedykowana Jego Eminencji Księdzu Kardynałowi Franciszkowi Macharskiemu. (maj – wrzesień)
- Ks. Andrzej Józef Nowobilski. Totus Tuus. Jean - Paul II. (kwiecień – maj. Miejsce: Osny)
- Antoni Jackowski. Sanktuaria i pielgrzymki na dawnej pocztówce. (marzec – czerwiec)
- Krzysztof Kmieć. Ekslibrisy religijne. (luty – maj)
- Józef Furdyna. Droga Krzyżowa. (styczeń – luty)
- Laurentius Urlich Englisch. Dziesięć przykazań. (styczeń – luty)
2008
- Szopki Babiogórskie oraz prace malarskie dzieci ze Szkoły w Borze. (grudzień 2008 – luty 2009)
- Fryderyk Pautsch. Sceny Huculskie (listopad – grudzień. Miejsce: Łódź)
- Piękno w sztuce. (listopad)
- Ks. Andrzej Józef Nowobilski. Droga do Watykanu. Jan Paweł II. W 30. rocznicę rozpoczęcia pontyfikatu. (październik 2008 – kwiecień 2009)
- Ennio Calabria. Portrety Jana Pawła II, 2002 – 2005. (październik – grudzień)
- Ks. Andrzej Józef Nowobilski. Totus Tuus. Jan Paweł II. (czerwiec – sierpień. Miejsce: Zakopane)
- Ks. Andrzej Józef Nowobilski. Totus Tuus. Di Giovanni Paolo II. (maj – czerwiec. Miejsce: Bolonia)
- Motywy krakowskie i krakowianie na ekslibrisach. (kwiecień – maj)
- Fryderyk Pautsch. Pejzaże i inne tematy. (luty – wrzesień)
- Krystian Wilk. Pejzaż naznaczony charyzmatem. Wystawa fotografii. (luty – marzec)
- Zdzisław Słonina. Świątnickie Betlejem. Rzeźba i fotografia. (styczeń – luty)
2009
- Szopki spod Babiej Góry i z Podhala oraz wystawa prac dzieci podhalańskich. (grudzień 2009 – luty 2010)
- Jan Paweł II Wielki. Pamiętamy. 16 X 1978. (październik – grudzień)
- Adam Pociecha. Grafika. (czerwiec – sierpień)
- Ks. Andrzej Józef Nowobilski. Ksiądz Kapelan Biskup Kardynał Sekretarz Kardynał Metropolita Stanisław Dziwisz. (maj – listopad)
- Ecce Homo Ime az ember. (kwiecień – czerwiec. Miejsce: Budapeszt)
- Plakaty ze zbiorów Muzeów Archidiecezjalnych i Sanktuariów w Polsce. (kwiecień – maj)
- Marek Rzeźniak. Wokół Księżnej Góry. Pejzaż krasnobrodzki. Prace malarskie. (marzec –kwiecień)
2010
- Szopki oraz wystawa prac plastycznych dzieci z terenu Podhala. (grudzień 2010 – luty 2011)
- Małgorzata Górnisiewicz – Locher. Genesis - stworzenie świata. Grafika i malarstwo. (listopad 2010 – luty 2011. Miejsce: Budapeszt)
- Teresa Stankiewicz. Malarstwo i rysunek. (listopad 2010 – marzec 2011)
- Teresa Śliwka – Moskal, Piotr Moskal. Malarstwo. (lipiec - październik)
- Małgorzata Górnisiewicz – Locher. Genesis - stworzenie świata. Grafika i malarstwo. (marzec – maj)
2011
- Szopki, prace plastyczne dzieci z Podhala. (grudzień 2011 – luty 2012)
- Józef Furdyna. Malarstwo. Witraże. (październik – grudzień)
- Jerzy Napieracz. Sacrum w ekslibrisach. Ikony autorstwa malarzy z kościoła greckokatolickiego. (wrzesień – październik)
- Agata Padoł – Ciechanowska. Tajemnice różańca. (sierpień – październik)
- Leon Getz. Malarstwo. (maj – czerwiec)
- Ks. Andrzej Józef Nowobilski. Kanonicza Kardynała Karola Wojtyły (kwiecień 2011 – 2018)
- Siergiej Szemiet. Malarstwo. (luty – maj)
2012
- Szopki, prace plastyczne dzieci z Podhala. (grudzień 2012 – luty 2013)
- Ewa Węcławowicz – Gyurkovich. Mrok i światło we wnętrzu sakralnym. (listopad – grudzień)
- Antoni Górnik. Twarze i otłarze. (listopad – grudzień)
- Sceny biblijne w grafice artystki węgierskiej Tavaszy Noemi. (październik – listopad)
- Franciszek Kafel. Modlitwy Jana Pawła II. Madonny Polskie. (sierpień – wrzesień)
- Ks. Andrzej Józef Nowobilski. Juan Pablo II. En la intimidad (czerwiec - wrzesień. Miejsce: Buenos Aires)
- Urszula Rychlińska. Malarstwo z cyklu „Mężczyzną i niewiastą stworzył ich”. Wystawa dedykowana Ojcu Świętemu Janowi Pawłowi II w I rocznicę beatyfikacji. (kwiecień – lipiec)
- Ks. Andrzej Józef Nowobilski. Juan Pablo II. En la intimidad (marzec – czerwiec. Miejsce: Meksyk)
- Agata Padoł – Ciechanowska. Tajemnice różańca. (luty – kwiecień. Miejsce: Budapeszt)
2013
- Małgorzata Radziejowska, Janusz Skórski. Niech wiatr cerkiewny gra… (grudzień 2013 – styczeń 2014. Miejsce: Budapeszt)
- Szopki, prace plastyczne dzieci z Podhala. (grudzień 2013 – luty 2014)
- Henryk Sienkiewicz – nauczyciel historii. Wystawa ilustracji ks. Wacława Piszczka CM do Bibliofilskiej Edycji Dzieł Henryka Sienkiewicza. (listopad – grudzień. Miejsce: Budapeszt)
- „Barwy Małopolski” dla Jana Pawła II. (listopad – grudzień.)
- Peter Prokop. Święci węgierscy i polscy. (listopad – grudzień)
- Małgorzata Radziejowska, Janusz Skórski. Niech wiatr cerkiewny gra… (październik – listopad)
- Dzień Papieski. Jan Paweł II – Papież dialogu. (październik)
- Franciszek Kafel. Modlitwy Jana Pawła II. Madonny Polskie. (październik. Miejsce: Budapeszt)
- Otwarcie ekspozycji papieskiej w Muzeum Świętego Jana Pawła II w Krakowie (czerwiec)
- Nowa ekspozycja sztuki sakralnej od XIII do XX wieku. (maj 2013 - 2018)
- Antoni Górnik. Na tropie piękna. (kwiecień)
- Jedność w różnorodności. Ikony Walentego Wojciechowskiego. (kwiecień – czerwiec)
- Pisanki wielkanocne. Prace dzieci ze Szkoły Podstawowej nr 5 im. Konfederacji Tatrzeńskiej w Nowym Targu. (marzec – kwiecień)
2014
- Szopki z Podhala i prace plastyczne dzieci. (grudzień 2014 – luty 2015)
- Stanisław Białogłowicz. U źródeł. Malarstwo. (październik – listopad)
- Stanisław Kulon. Świadectwo 1939 – 1946. Płaskorzeźby. (wrzesień – październik)
- Łucja Kłańska – Kanarek. Malarstwo. Anioły w kolorze nadziei i inne…. (czerwiec – lipiec)
- Krzysztof Okoń. Moja modlitwa. (czerwiec – wrzesień)
- Tytus Byczkowski. Portrety Św. Jana Pawła II i wielkich Polaków XX wieku. (maj – czerwiec)
- Nomi Baumgartl. Jan Paweł II w obiektywie. (maj – czerwiec. Miejsce: Muzeum Jana Pawła II)
- Ks. Wacław Piszczek CM. Katecheza pędzlem i ołówkiem. (kwiecień – maj)
- Zdzisław Słonina. Sceny pasyjne w rzeźbie i malarstwie. (luty – marzec)
- Joanna Stożek. Moje Madonny. Malarstwo. (styczeń – luty)
2015
- Szopki z Podhala i prace plastyczne dzieci (grudzień 2015 – luty 2016)
- Teresa Stankiewicz. Malarstwo. (listopad)
- Håkon Gullvåg. Cykl Biblijny. (lipiec – sierpień)
- Bp Jan Szkodoń. Cała ziemia jest pełna Jego chwały. Malarstwo. (maj – czerwiec)
- Immortale. (maj – listopad. Miejsce: Turyn)
- Agata Padoł – Ciechanowska. Droga, która leczy. (marzec – kwiecień)
2016
- Szopki z Podhala i prace plastyczne dzieci (grudzień 2016 – luty 2017)
- Stulecie śmierci Świętego Brata Alberta 1845 – 1916. (grudzień 2016 – kwiecień 2017)
- Stekly Zsuzsa. Moje westchnienia do Boga. (październik – listopad)
- Ks. Ryszard Knapiński. Porta Fidei. Drzwi Płockie w Nowogrodzie Wielkim na Rusi. (sierpień – wrzesień)
- Romuald Oramus. Katedra. Z nieba i z ziemi. Malarstwo. (lipiec – październik)
- Stanisław Rodziński. Malarstwo. (maj – czerwiec)
- Małgorzata Locher. Światło z Patmos. Obrazy inspirowane Apokalipsą Świętego Jana. (kwiecień – maj)
2017
- Stulecie śmierci Świętego Brata Alberta 1845 – 1916. (październik. Miejsce: Budapeszt)
- Zdzisław Słonina. Wystawa jubileuszowa z okazji 40-lecia pracy twórczej. (wrzesień – październik)
- Wasyl Piłka, Walentyn Pawłow. W imię Chrystusa. Obrazy w szkle. (sierpień – październik)
- Irena Popiołek. Malarstwo. (lipiec – sierpień)
- Paulina Krajewska. Ikony. (maj – lipiec)
- Urszula Rychlińska. Utkani przez Ojca. Malarstwo. (kwiecień – maj)
- Wiesław Nowak. Bezdroża Sztuki. Wystawa malarstwa. (luty – marzec)
2018
- Polonia Sacra. Ze skarbca Archidiecezji Krakowskiej (8 listopada 2018 – 14 kwietnia 2019)
- Nasz Papież. (16 października 2018 – 31 stycznia 2020. Miejsce: Muzeum Świętego Jana Pawła II)
- Semana Santa w Kastylii i Leon. Wystawa fotograficzna. (12 kwietnia – 9 czerwca)
2019
- Metafizyka Obecności. Wystawa zbiorowa. Kuratorzy: Agnieszka Daca, Bernadeta Stano Wystawie towarzyszyła monografia: „Metafizyka Obecności. Inspiracje religijne w dziełach artystów krakowskich 2000–2019” (9 listopada 2019 - 25 styczeń 2020)
- Zbigniew Cebula. Axis Mundi. Malarstwo. (1 października - 15 października)
- Urszula Filek. Drzewa Oliwne i morze. (13 sierpnia – 15 września)
- Ornat Piusa X. Ze zbiorów Pałacu Biskupiego w Krakowie. (15 sierpnia)
- Joanna Sobczyk – Pająk. Jan Paweł II. Ludzie i miejsca. (2 lipca – 31 lipca)
- Fryderyk Pautsch. Made in Poznań. (18 czerwca – 31 sierpnia)
2020
- Czas ucieka, wieczność czeka. Medalierskie Rozmowy z Janem Pawłem II. Wystawa zbiorowa. (21 października – 22 listopada)
- Pocztówka do nieba. Pokonkursowa wystawa prac plastycznych. (5 czerwca – 31 sierpnia)
2021
- „Co ja z Wami mam... Duszpasterstwo turystyczne księdza Karola Wojtyły” (3 września - 23 grudnia) ()
- Kościoły małopolski. 101 kościołów. Sakralia. Wystawy czasowe zorganizowane we współpracy z Podgórskim Stowarzyszeniem Sztuk Wszelkich im. Karola Wojtyły w Krakowie oraz Małopolskim Stowarzyszeniem Twórców Kultury w Krakowie. (25 lutego – 28 marca)
2022
- A słowo stało się ciałem ()