Muzeum Jana Pawła II, oddział Muzeum Archidiecezjalnego w Krakowie, zostało otwarte 23 czerwca 2013 roku, w tym samym dniu, kiedy miało miejsce poświęcenie górnego kościoła św. Jana Pawła II na Białych Morzach. Tymczasową siedzibą Muzeum jest budynek „Veritas” (zlokalizowany po lewej stronie od wejścia do kościoła górnego), który dzieli obecnie z Instytutem Dialogu Międzykulturowego. Po zakończeniu prac budowlanych i aranżacyjnych ekspozycja zostanie przeniesiona do nowej siedziby, znajdującej się obok,
w budynku „Fides”.

Od początku swojego istnienia w Muzeum Archidiecezjalnym Świętego Jana Pawła II, prezentowane są osobiste przedmioty należące do papieża, jak również bogata kolekcja tzw. darów papieskich. Są to przedmioty z całego świata, które Ojciec Święty otrzymywał podczas swoich licznych podróży apostolskich, jak i spotkań z pielgrzymami w Watykanie. Obiekty te Jan Paweł II stopniowo przekazywał do Muzeum, w późniejszych latach swojego pontyfikatu. Po śmierci Ojca Świętego, część zbiorów została przekazana również przez kardynała Stanisława Dziwisza. Są wśród nich zarówno oficjalne upominki od przywódców państw i polityków, przywódców religijnych, wielu instytucji i uniwersytetów, a przede wszystkim ofiarowane ze szczerego serca podarunki od wiernych, ukazujące bogate tradycje miejsc, z których pochodzą. Zbiór pamiątek i darów po Ojcu Świętym ma charakter nie tylko sentymentalny ale posiada również wyjątkową wartość historyczną, artystyczną i kulturową.